Сильно не ругайте, просто что-то не могу сообразить как сделать следующее, вот этой процедурой:

Процедура ТоварыНоменклатураНачалоВыбора(Элемент, СтандартнаяОбработка)
   
   Если ВидДокумента = Перечисления.ВидыДокументаАкция.ОтменаАкции Тогда
       СтандартнаяОбработка = Ложь;
       Запрос = Новый Запрос;
       Запрос.Текст =    
       "ВЫБРАТЬ
       |    ТоварыПоАкции.Товар
       |ИЗ
       |    РегистрСведений.ТоварыПоАкции КАК ТоварыПоАкции";
       Результат = Запрос.Выполнить();
       СписокЗнч = Новый СписокЗначений;    
       СписокЗнч.ЗагрузитьЗначения(Результат.Выгрузить().ВыгрузитьКолонку("Товар"));
       ФормаВыбора = Справочники.Номенклатура.ПолучитьФормуВыбора();
       ФормаВыбора.ЭлементыФормы.СправочникСписок.Значение.Отбор.Ссылка.Использование = Истина;
       ФормаВыбора.ЭлементыФормы.СправочникСписок.Значение.Отбор.Ссылка.ВидСравнения = ВидСравнения.ВСписке;
       ФормаВыбора.ЭлементыФормы.СправочникСписок.Значение.Отбор.Ссылка.Значение = СписокЗнч;
       ЭлементыФормы.Товары.ТекущаяСтрока.Номенклатура = ФормаВыбора.ОткрытьМодально();
   КонецЕсли;
   
КонецПроцедуры

Подменяю форму выбора, на ту в которой товары из определенного регистра, но при этом много лишних пустых групп(номенклатура достаточно обширна), как оставить группы  в иерархии которых  искомые товары?

Добей СписокЗнч родителями.