В конфигураторе настроил форму http://s57.radikal.ru/i158/1109/98/e4496d6e9312.jpg, форма в самой 1с http://s49.radikal.ru/i124/1109/3f/166bd6575800.png, объясните почему так выходит ?

Почему то что настроено в конфигураторе не правильно отражается в 1с

Потому что эту форму нужно задать основной. Т.е. он у тебя твою форму не видит и генерит на лету свою.