Есть счет 41.1 сбуконто - Номенклатура, МестаХранения,
Партии

Как можно выбирать данные что б например брать сначала по субконто МестаХранения потом Номенклатура, а потом Партии?

брать где, в отчетах есть "стрелочки", в программировании -  группировки

Стоп, платформа 7.7

а что меняется?
в отчетах есть выбор вида субконто в соответствующих реквизитах формы.
В программировании - группировки, порядок субконто