|ВЫБРАТЬ
   |    НоменклатураКонтрагентов.Номенклатура,
   |    ВЫРАЗИТЬ(НоменклатураКонтрагентов.НаименованиеНоменклатурыКонтрагента КАК СТРОКА(100)) КАК НаименованиеНоменклатурыКонтрагента
   |ИЗ
   |    РегистрСведений.НоменклатураКонтрагентов КАК НоменклатураКонтрагентов
   |ГДЕ
   |    НоменклатураКонтрагентов.НаименованиеНоменклатурыКонтрагента В ИЕРАРХИИ (&СписНаименований)

получаю:
Неверные параметры в операции сравнения. Нельзя сравнивать поля
неограниченной длины и поля несовместимых типов.
НоменклатураКонтрагентов.НаименованиеНоменклатурыКонтрагента <<?>>В ИЕРАРХИИ (&СписНаименований)

зы:НаименованиеНоменклатурыКонтрагента - ресурс регистра, если ограничить его длину - запрос естественно реаботает
ззы: если

а как строка может быть  В ИЕРАРХИИ?

(1) не знаю, но работает (если ограничить) ...не суть, пусть будет "В", почему ВЫРАЗИТЬ не пашет?

(2)в СписНаименований что?

(2) Сделай вложенный запрос с ВЫРАЗИТЬ, а потом сравнивай

А, кстати, в условии-то у тебя нифига не обрезанное наименование :)

(3)        НоваяСтрока.НаименованиеНоменклатурыКонтрагента = ДополнитьСтроку(Наименование, 100, " ");

(5) пофиг, так тоже не пашет
   |ВЫБРАТЬ
   |    НоменклатураКонтрагентов.Номенклатура,
   |    ВЫРАЗИТЬ(НоменклатураКонтрагентов.НаименованиеНоменклатурыКонтрагента КАК СТРОКА(100)) КАК НаименованиеНоменклатурыКонтрагента
   |ИЗ
   |    РегистрСведений.НоменклатураКонтрагентов КАК НоменклатураКонтрагентов
   |ГДЕ
   |    НаименованиеНоменклатурыКонтрагента В (&СписНаименований)

(3)СписНаименований - что? Список, строка?
У меня все работает:
ВЫБРАТЬ
   ФайлыВыгрузкиOpenWay.Регистратор,
   Выразить(ФайлыВыгрузкиOpenWay.Комментарий как строка(10)) как ком
ИЗ
   РегистрСведений.ФайлыВыгрузкиOpenWay КАК ФайлыВыгрузкиOpenWay
   
   Где Выразить(ФайлыВыгрузкиOpenWay.Комментарий как строка(10)) в (&Спис)

(8) Спасибо catena,  "Выразить" в условии помогло