Если ПКО содержит условие на входящие данные, которые будут переданы в ПКО на середине загрузки, когда все контрагенты уже выгружены, но еще чать должна быть выгружена по ссылкам из документа, что произойдет с выгруженным объектом? Он изменится, или будет использована первоначальная версия выгруженного объекта?

Что то как то вообще не понятно.

"Если ПКО содержит условие на входящие данные, которые будут переданы в ПКО на середине загрузки" - это как?

"Он изменится, или будет использована первоначальная версия выгруженного объекта?" - С ним поступят так, как указано в ПКО на второй вкладочке, там как раз стоит что-то типа "Выгружать при существующем объекте в приемнике..."

(1)

Это так: ПВД "Контрагенты" - без параметров. Следом ПВД "Взаиморасчеты" с параметром. От параметра зависит свойство: в ПКС обработка по этому параметру.
Итого - на начале загрузки будет обработка без свойства, на середине оно подтянется.

(2)Каким способом определяешь "середину"?:-)

(3) Это очень  просто. Начло выполнения первого ПВД - это начало загрузки. Начало выполнения второго ПВД - это середина загрузки.