Интересует такой вопрос, 1С Документооборот может ли быть встроено в 1С УПП или это совершенно отдельная конфа и работает сама по себе? Или стандартные средства позволяют всунуть в УПП её?

Это отдельная конфигурация, но может быть полноценно интегрирована с другими конфигурациями через web-сервисы. В настоящее время только УТ11 может работать с документооборотом.

а обмен встроенный с чем есть готовый?
или обмен с УПП надо писать самому?