Есть два филиала в обоих куплена БП и ключики, все работает, все ОК.

Один филиал купил ЗУП, поставили - все ок.

Может ли другой филиал взять конфигурацию ЗУП из первого филиала и пользовать ее?

Нет

почему нет? если РИБ сделать может же?

(2) нет, нужна лицензия на использование ЗУПа, т.к. ЛВС разные (смотри разъяснения 1С в к соглашению о лицензировании).