Если использовать бухгалтерские запросы, то операции можно выбирать только от самой старой к новому, можно ли выбрать операции по счету в обратном хронологическом порядке ?

насколько помню, нельзя. выгружать в тз и вертеть как надо.

Выгрузи в ТЗ, сортируй...

Хых, только это и остается

Если не хочется проходить по бухзапросам и потом в ТЗ пихать, то можно попробовать получить результат через объект "Запрос", а не бухитоги. И затем использовать метод Запрос.Выгрузить(<ТаблЗнач>,<Флаг>,<Итоги>).
Но это если структура данных позволяет.