Может, есть какие-то рецепты?
Я пока собираюсь превратить ее в бухгалтерию, перегрузить, потом отдельно поправить остатки по материалам - на основании регистров.

Запасной вариант. Перегрузи справочники. Остатки руками.

Там очень много остатков всяческих, руками - нереально.

а обработкой?

КД!

(4) Если описывать всё-всё самостоятельно, то это долго, а если только материалы - то просто отдельной перегрузкой проще и понятней.