Есть две кассы. Надо чтоб нумерация каждой кассы была своя.
Как то можно сделать или есть уже штатные настройки?

^

да. две организации.

префикс организации однако

Когда вторую кассу, создавали на реквизит "Префикс.." обратили внимание?

значить через префикс