Корректно ли удаление  группы справочника без перебора и удаления подчиненных элементов, если у подчиненных элементов ссылки отсутствуют?

нет, так как плохо удалять без контроля ссылочной целостности

(0) Как же ссылки отсутствуют? А Родитель?

УстановитьПометкуУдаления(SetDeletionMark)
Синтаксис:
УстановитьПометкуУдаления(<Пометка удаления>, <Включая подчиненные>)
Параметры:
<Пометка удаления> (обязательный)
Тип: Булево. Признак установки / снятие пометки на удаление.
Истина - пометка будет установлена; Ложь - пометка будет снята.
<Включая подчиненные> (необязательный)
Тип: Булево. Если параметр установлен в Истина, то будут помечены на удаление, кроме данного элемента, все его подчиненные элементы в данном справочнике и во всех подчиненных справочниках.

(3) я так понимаю ТС не нужно удалять элементы входящие в группу

(0) читаем документацию, там все есть

Поясняю: Создаем группу, ваяем внутри подчиненных всяких и тут же удаляем эту группу. А какой целостности речь? Вопрос в другом-в механизме удаления 1с. По здравому смыслу, не может подчиненный элемент существовать без родителя. И в механизме удаления это должно быть реализовано. Иначе только через метод УдалитьОбъекты(<СписокСсылок>, <Проверять>, <НайденныеДанные>), где СписокСсылок в первом проходе будет содержать все подчиненные элементы нижнего уровня. Так это же такая возня. А нужна ли она? Вот в этом суть вопроса.