Есть справочник в котором есть предопределенные элементы и есть документ где есть поле с ссылкой на данный справочник. В поле выбора установлено свойство "Быстрый выбор", т.е. выпадающий список. Можно ли настроить отбор чтобы в выпадающем списке не отображались предопределенные элементы?

да. Метод Начало выбора из списка. Не забудь отключить стандартную обработку

(1) этот метод применяется если только выбрана кнопка списка выбора, а когда использую в свойствах кнопку выбора и устанавливаю флажок быстрый выбор данный метод не применяется