Текст запроса совершенно простой:

ВЫБРАТЬ
   Спр.Ссылка КАК Ссылка,
   Спр.ПометкаУдаления,
   Спр.Родитель КАК Родитель,
   Спр.ЭтоГруппа КАК ЭтоГруппа,
   Спр.Код,
   Спр.Наименование КАК Наименование,
   ВЫБОР
       КОГДА Спр.ЭтоГруппа
           ТОГДА 0
       ИНАЧЕ 2
   КОНЕЦ + ВЫБОР
       КОГДА Спр.ПометкаУдаления
           ТОГДА 1
       ИНАЧЕ 0
   КОНЕЦ КАК ИндексКартинки
ИЗ
   Справочник.ОрганизационныеЕдиницы КАК Спр

УПОРЯДОЧИТЬ ПО
   ЭтоГруппа УБЫВ,
   Наименование
ИТОГИ ПО
   Ссылка ИЕРАРХИЯ

Результат выгружается в дерево, ожидаю, что группы будут вверху, но не выходит каменный цветок.

ЧЯДНТ, Товарищи?

(0) Итоги тогда зачем?

1. лишнее
УПОРЯДОЧИТЬ ПО
   ЭтоГруппа УБЫВ
2. покажи как выгружаешь, надо правильно выгружать, наверное у тебя ТЗ

(1) Для Иерархии
(2) Как лишнее?

Результат = Запрос.Выполнить().Выгрузить(ОбходРезультатаЗапроса.ПоГруппировкамСИерархией);
ЗначениеВРеквизитФормы(Результат, "ЭлементыТекущейИБ");

ЭлементыТекущейИБ на форме как представлено?

(4) реквизит с типом ДеревоЗначений
На форме элемент Таблица.

Отсутствие сортировки видно в отладчике (после Запрос.Выполнить()....)

(5) отображение какое у таблицы?

(6) Дерево

Убрал УБЫВ и все завелось так как и хотелось.

Странно то, что в компоновке при сортировке по убыванию сначала идет Истина, потом Ложь, а в запросе при сортировке сначала ложь, потом истина.