Хочу сделать доп. реквизит в тч документа значения этого реквизита будут выбираться из справочника с предопределенными элементами, и регистр куда эти значения будут записываться. Обновление происходит загрузкой конфигурации из файла. Не затрутся ли эти изменения при обмене, если они затрутся как сделать чтобы они сохранялись?

(0) Научиться правильно обновлять.

загружай обновлением или сравнением

обновления делаю не я а люди умеющие только нажать пару кнопок которые им показали. Конфигурация бюджетная бухгалтерия, обновления выходят не так редко, можно ли типовую конфигурацию снять с поддержки перенести туда свои изменения и сделать новый файл обновлений?

"обновления делаю не я а люди умеющие только нажать пару кнопок которые им показали" - тогда в общем случае ничего не получиться.

учить персонал нужно, а если не хотят, найти тех кто захочет.

(0) Если типовая, откажись от реквезита - используй свойства документа

(6) реквизит табличной части же

(3)[Обновление происходит загрузкой конфигурации из файла]
ну так обнови сначала у себя и выгрузи "правильный" cf,
который отдай юзерам

(8) так и делаю, сначала у себя обновляю типовую конфу, потом в нее перетаскиваю свои изменения и выгружаю в cf который передаю пользователям

(7) а ну да, для таб часити не подойдет