Сотрудник имеет имущественный вычет с января 2011г, зик нормально возвращал его до сентября, а потом начал начислять ндфл, хотя еще должен происходить возврат ндфл, как сделать чтобы вместо начисления ндфл происходил вычет ?

(0) Значит, сумма вычета исчерпана.
Сформируй Регистр налогового учета по НДФЛ и убедись.