Конфигурация с нуля. Есть Подразделение и к нему регистр сведений со списком пользователей, которым должен быть доступ к подразделению. В модуле сеанса перехватывается текущий пользователь. При открытии формы выбора справочника Подразделение делаю запрос, по которому выгружаю в список подразделений, к которому должен быть доступ текущему пользователю. Далее по этому списку делаю отбор, что показано выше.