ЗУП 2.5.43.3
Сотрудник работает с июля 2011 г со статусом Нерезидент
В сентябре меняет на статус Резидент
После очередного обновления программа пересчитывает НДФЛ за все месяца со ставки 30% на ставку 13% В итоге организация на конец года должна работнике энную сумму
Бухгалтер утверждает (со слов ИФНС), что пересчета в программе быть не должно, и что сотрудник должен с 2-мя справками 2-НДФЛ (одна 13%, вторая 30%) идти в налоговую, писать заявление на возврат НДФЛ, чтобы ему эти деньги вернули
с ИФНС связаться не успела, буду завтра дозваниваться Может кто знает как надо правильно? Надо решить завтра этот вопрос...

Сначала было так правильно, потом эдак. Законодательство меняется как погода.

При смене статуса резидента , НДФЛ должен пересчитаться за весь период по 13% В результате может появиться задолженность перед сотрудником , она испльзуется для зачета следующих уплат НДФЛ в бюджет, все что не зачлось сотрудник может получить в налоговой  написав туда заявление(исключение если сотрудник увольняется и сразу же уезжает за границу).

(2) чем мотивировать? каким документом?

(3) посмотри "справка" - "дополнение к описанию". Это было в одном из последних обновлений

(4) читала я справку о программе
В каком то постановлении написано что возвращает излишне уплаченный НДФЛ налоговая по заявлению физ лица

(5) Версия 2.5.41
Новое в версии
Исчисление НДФЛ

Измененен порядок исчисления НДФЛ при пробретении статуса налогового резидента РФ в соответствии с письмами Минфина России от 12.08.2011 № 03-04-08/4-146, ФНС от 9 июня 2011 г. № ЕД-4-3/9150: автоматически производится перерасчет налоговых обязательств с начала года и зачет его результатов в счет очередных платежей для доходов, облагаемых по ставке 13%, для прочих доходов перерасчет не производится.