Программно открываю форму выбора справочника из другой формы.
Как установить отбор по значению реквизита в открываемой форме выбора?

Ну если на открываемой форме есть элемент типа СправочникСписок то так:
1. Получить форму, которую надо открыть;
2. Обратиться к отбору элемента СправочникСписок - установить нужные значения;
3. Открыть форму.

http://www.1c-pro.ru/index.php?showtopic=35432

п.1 и 3 сделал, можно подробнее по 2-му?

Отбор = новый Структура("ИмяНужногоРеквизита", ЗначениеОтбора);
Парам = новый Структура("Отбор", Отбор);
ОткрытьФорму("Справочник.НужныйСправочник.ФормаВыбора", Парам, ЭлементВладелец);