Документ делает проводки только по количеству (без сумм) - это ошибка конфигурации или что-то с базой, настройками?

(0) тут третий вариант - дело в ваших сотрудниках.

В документах сделанные до 28 релиза при перепроведении тоже суммы обнуляются. В чем не правы сотрудники?