Контрагенты сопоставляются по ИНН, КПП или Наименованию в зависимости от вида. Замечена такая фигня что иногда КД при выгрузке вообще НЕ включает тег с информацией о контрагенте в состав информации об объекте. Обнаруживается это когда контрагент не заполнен смотришь исходный файл а там конкретно для этого объекта нет тега в составе объекта. Причем у других объектов тег на этого же контрагента есть и все ОК а у некоторых объектов тег отсутствует. Причем если выгружать эти (где контрагент не проставлен) объекты отдельно то там тег есть и все ОК. т.е. это не свойство конкретного объекта а так получается что в некоторые объекты (могут!) непопать теги с инфо о контрагенте.
Это лечится установкой галки не запоминать объектвы при выгрузке но ... надо сказать что осадочек все равно остается.

кто нибудь сталкивался с такой фичей КД?

косяк 2.1.5

попробуй поднять свойство