При обмене всегда ставит на регистрацию полученные объекты.
В коде нашел такое место

Функция ОбъектМодифицированДляПланаОбменаПопыткаИсключение(Источник, ОбъектМетаданных, ИмяПланаОбмена, РежимЗаписи, ЗарегистрироватьОбъектКВыгрузке)
   
   Если    ЗарегистрироватьОбъектКВыгрузке
       ИЛИ Источник.ЭтоНовый()
       ИЛИ Источник.ОбменДанными.Загрузка Тогда
       
       // для наборов записей регистров,
       // при физическом удалении объектов,
       // для новых объектов,
!!!!!!!!    // для объектов записанных по обмену данными
       // регистрируем изменения всегда
       Возврат Истина;
       
Как то нелогично, для чего мне регистрировать данные, которые зашли с другоой ИБ.
Или так должно быть? Подскажите?

все правильно, регистрируется на всех (все получатели в обменДанными.Получатели), но в  обменДанными.Отправитель стоит узел отправки. и по итогу зарегистрируется на всех кроме отправителя.