Смотрю отчетом "ведомость по учету затрат", там в колонке стоимость суммы минусовые, а количество правильное.
А полуфабрикаты тоже можно в инвентаризацию внести? Они почему-то автоматический не заполняются в ТЧ по кнопочке "заполнить остатками материалов в производсвте"