чтобы потом склеить их блокнотом, а то падает на 2 Гб ( msxml3.dll: Недостаточно памяти для завершения операции)
делаю что то типа    
Если ПораСохранить=1 Тогда
DOMDocument.save(ИмяФайлаДанных+мСчетчикВыгруженныхОбъектов);
КонецЕсли;
файлы пустые получаются, возможно ли такое вообще?

1с 7.7

не в ту сторону смотришь

(2) по организациям тоже не получается выгрузить, на одной фирме падает.

adodb.Stream и вперёд

т.е. использовать не msxml?

у тебя варианта всего два - или сужать параметры выгрузки (период, вид доков и т.п.), или формировать хмл самому