Есть подразделение. Создана запись о проводках для учета в бухии.
Но эти проводки форминуются только для сотрудника принятого в 2012 году уже в 8.2. Для остальных перенесенных сотров из 7.7 стандартным переносом этого подразделения ставятся проводки "по умолчанию".

Второе отличие этого сотра, что у него стоит "выплата через кассу", а у остальных "через банк".

Куда рыть?

Порядок формирования проводок для сотрудников подразделения отражается в итоге в период. регистре сведений "Бухучёт основного заработка сотрудников организаций". У Вас в настройках бухучёта начислений для подразделения должна стоять дата "Действует с".
"Выплата через кассу" где стоит? Вообще этот параметр указывается в документе "Зарплата к выплате организаций", который в свою очередь, формируется для каждой конкретной выплаты. Т. о. Вы можете что-то (например, какую-то внеплановую премию) выплатить через кассу, а что-то через банк. Для выплаты через банк Вам нужно ввести для сотрудника документ "Заявка на открытие счетов": он показывает, что у сотрудника есть банковский счёт, на который можно перечислять причитающиеся ему выплаты.

(1)Действует С стоит. Ставил и с 1-го января, и раньше.
С точки зрения обмена с бухией все идет через кассу. Т.к. реестр форрмируется самопиской в формате банка. Из регистра сведений берется только номер карты, из ведомости сумма.

(1) регистре сведений "Бухучёт основного заработка сотрудников организаций" заполнен. Но эту проводку делает только для одного сотрудника.

Посмотрите, что у Вас есть в регистрах сведений:
- "Учёт основного заработка в регл. учёте сотрудников организации",
- "Бухучёт основного заработка сотрудников подразделений организации",
- "Регл. учёт плановых начислений сотрудников организации".

(4)Спасибо
"Учёт основного заработка в регл. учёте сотрудников организации"  при переносе из 7.7 заполнен этот регистр "по умолчанию", посему новых сотров, которых в нем нет, ставит проводки из подразделения, а ...