В УТ 10.3 при создании на основании заказа реализации переносится только номенлатура, которая есть на складе. Есть ли где в правах или еще где штатная настройка торговли, чтобы таким образом переносилась вся номенклатура?

Нет. Жестко прописано в коде.

(1) большое спасибо.