Запустил тестирование и исправление.
Снова запустил удаление помеченных.
Появилась ошибка:
Ошибка СУБД: Microsoft OLE DB provider for SQL Server: произошли ошибки во время выполнения многошаговой операции OLE DB По возможности, проверьте значения всех состояний OLE DB. Работа не выполнена. HRESULT=80040E21
Теперь и при запуске предприятия/конфигуратора её выдает, и можно только "Перезапустить" или "Завершить работу".