Настроил обмен из Розницы в Бухгалтерию. В рознице только выгрузка данных, в Бух только загрузка (выгружать не надо). Вопрос такой: "каждый раз при выгрузке из розницы будут выгружаться все данные или только новые или измененные с последней выгрузки. И как в этом случае 1С-ка будет определять что выгружать"?

выгружаться будут только те, что зарегистрированы к выгрузке. ))

как это определяется. если двусторонний обмен, то понятно. а односторонний как?

так же, как и двухсторонний.
устанавливается регистрация при изменении объекта.
при возвращении из другой базы приходят квитанции, об успешном приеме объектов и они снимаются с регистрации.
но это - теория.
на практике много зависит от того _как_ на самом деле настроен обмен.