День добрый , в новой организации столкнулся с такой ситуацией, до меня начали процесс, что из разных баз торговля всё выгружается в одну бухгалтерию.И мне поставили задачу ещё из нескольких баз делать выгрузку в эту же бухгалтерию.Пока притормозил процесс,думаю будет каша с номенклатурой и контрагентами. Вобщем если кто то сталкивался с подобным  
поделитесь, реально ли такое вобще, на данный момент думаю сама задача неккоректна но видимо так надо руководству

а УТ между собой обмениваются?

В том то и дело что нет в каждой ут свою номенклатуру заводят и контрагентов, предполагалось видимо номенклатуру по артиклу стыковать а контрагентов по инн, но что в итоге будет, неизвесно

Если бы распред база стояла и в идеале одна торговля . Ещё момент что есть несколько организаций внутри структуры и они разбросаны по базам. Выгрузка из 7 торговли в 8 бухг.

Ну унифицируй правила синхронизации ключевых справочников до начала процесса обмена. Если элементы справочников можно однозначно идентифицировать по каким-либо признакам, то проблем с обменом нет.
p.s. В каком режиме настроен обмен УТ и БП в текущий момент?

Обмен реализован рукописными выгрузками

Задача корректна.
Решают этот вопрос синхронизацией справочников в базах, а как именно - так это кто во что горазд.
Как показывает практика, без организационных методов тут не обойтись. Т.е. нужно придумывать правила занесения номенклатуры и контрагентов в базы.

Тогда проще в торговле сделать распределёнку , или торговую базу одну