как присвоить значение субконто по его порядковому номеру
что то вроде
для а = 1 по Счет.КоличествоСубконто()
субконто(а) = зн(а);
КонецЦикла;

не работает?

посмотреть код в любой типовой

решение:
Операция.Дебет.Субконто(номерСубконто,значение)