я попробовал разобраться по регистру прямых расходов , на примере 1 кварт.2011г. Прямыми считаются , те расходы, которые попадают на сч.20, а с 20 сч. на сч.43.
По данному примеру  в регистре отражается сумма 133 114 882,51 , она равна  ( 133 642 093,12 -527210,61 )  анализ счета 20 минус сч.25.  Получается ,что сырье, которое  в конце месяца возвращается на склад не минусуется с прямых расходов. Если ( 133114882,51-   возврат 29179123,84 – внутр.оборот 1912807,89 ) , то получается 102022950,78
Потом сюда не вошли суммы по продажи материалов и услуг по сч.90.02.

не основных средств! немного ошибся при записи заголовка

Отчет «Регистр учета прямых расходов на производство».

В этом отчете формируются сведения обо всех расходах, которые признаются прямыми расходами текущего периода в целях налогового учета. В настройках отчета их можно распределить по месяцам указанного в отчете периода, по подразделениям, номенклатурным группам и по видам расходов.

Отчет показывает прямые расходы, подлежащие распределению на остатки незавершенного производства, готовую продукцию на складе, а также на отгруженную, но еще нереализованную в отчетном (налоговом) периоде продукцию.

Мне посоветовали - Посчитайте по анализу счета, возможно в некоторых операциях неверная аналитика.
Но как это осуществить практически? Там вроде все верное - 90.01,90.02 счета обрабатываются.

может это после обновления на 15 платформу произошло? ТИИ может быть поможет?