(0) периодически и постоянно не стоит, удаляются настройки в 1с. но если очень хочется папки можно смело удалять.
RAMDisk конкретно в сравнении конфы больше производительности не даст. Там проц вертится во всю. А вот если делать несколько сравнения на разных процах и норм диск, то можно чуть быстрее работать :)