Есть обработка, у нее команда на открытие этой обработки. Есть справочники, документы. На обработку, справочники, документы есть права. Справочники, документы попадают в интерфейс (у них команд нет - через типовой механизи). А команда эта не попадет.
Создана отдельная роль, у которой все нужные права на эти объекты есть. Права на подсистеме тоже выставлены.