Если делать оборотку по субсчетам то все нормально Кт62.2 = Кт62.
А если сделать ОСВ по 62 счету, то кредит в развернутом сальдо получается немного больше.
Почему такое может быть?

Посмотрите что находится на 62.1...62.n, вы что-то не учли. Если все сходится попробуйте сделать тестирование и исправление ИБ, может индексы сбились или остатки.