В итоге проблема решилась.
Проблема действительно оказалась в перечне прямых затрат. Он был заполнен, и заполнен правильно, если бы не одно НО: В перечне прямых затрат, даты должны быть равны(включаться) в период действия учетной политики! Иначе ничего не работает. Т.е. Если учетная политика от 01.01.2011, а даты в перечне от 01.01.1970(как создаются по умолчанию) то ничего не работает. Вот такая вот не документированная фишка.
Компьютеры — прекрасное средство для решения проблем, которых до их появления не было.