(0) Есть несколько вариантов. Зависит от того какой объем останется и какой объем режется.
а) Режем ЦБ и в обмен уходит информация на ПБ. Никогда неиспользовать если режется очень большой объем - будет загружать изменения до потери пульса, и далеко не факт что все загрузится.
б) Режем ЦБ. Нарезаем новые ПБ из уже обрезанной базы. Предпочтительно использовать если нет миграции "место создания", иначе окажется что доков ПБ в новой выгрузке небудет.
в) Если базы скульные то собираем все базы в центре и режем одновременно во всех базах одинаковые документы. Основной недостаток что невсегда можно остановить работу ПБ на время урезки базы.