При выгрузке из сторонней программы в базу Бухгалтерии 2.0 (БП 2.0) формируются документы "Восстановление НДС" с признаком "Отражать в книге покупок". Смысл их в том, что та сторонняя программа "знает" те материалы которые пошли на ЕНВД и по ним при выгрузке в базу бухгалтерии формирует документы "Восстановление НДС" на необходимые суммы.

Теперь,  когда мы формируем документ "Формирование записей книги покупок", суммы из документов "Восстановление НДС" добавляются к сумме без НДС и к сумме НДС. Что по идее не корректно.

Проверил тоже самое в абсолютно типовой конфигурации, и да если формировать документ "Формирование записей книги покупок" после того как введен документ "Восстановление НДС", то эти суммы попадают со знаком плюс, добавляясь к соответствующей счет-фактуре.