Вопрос,
послу отвязывания периферийной базы путем
ПланыОбмена.УстановитьГлавныйУзел(Неопределено);
а потом опять поставить признак распределенного узла,
очистятся ли изменения которые сейчас зарегистрированы?

теоретически не должны

(1) а практически ?
просто не хочется все изменения потерять :)

(2) ну команда ПланыОбмена.УстановитьГлавныйУзел(Неопределено); - отрабатывает практически мгновенно, если бы стирала таблицу, то была бы задержка.

а ты проверь на копии, если не уверен.

(0) нет, не очистятся

(2) сделай бакуп или выгрузи их в xml

Кстати,
а как снять регистрацию изменений с конфигурации?
т.е. чтобы с центра не выгружались изменения cf-ника?
(т.к. cf я в ручную накатил)

(6) Зачем это ? оО Регистрируй и выгружай не по основному плану обмена.