То есть объект изменился и зарегистрировался для обмена. Каким образом отменить обмен этого элемента?

ПланыОбмена.УдалитьРегистрациюИзменений

а еще лучше до регистрации определить нужно ли его регистрировать

+(2) Правила регистрации объектов в помощь

форс-мажор, тут только разгребать приходится
а так, спасибо

Программно или вручную?

в стандартной БП возьми обработку РегистрацияИзмененийДляОбмена работает в любой конфе. Для ут11 только в обычном режиме запускать придется.