Нужно по расписанию закачивать на фтп файлик. ФТП шифрован. Можно как-то подключиться к такому фтп из 1С?
Или есть какие-то другие бесплатные клиенты, поддерживающие SSL из командной строки?

Ой, в заголовке SSL конечно же.