Приобрели системник / "сервер", софт и т.п.
Но одному пользователю новый сервер не подходит, т.к. у него на Windows 7 размер шрифтов 150%, а на терминале Windows 2008 R2 100%. Каким образом это исправляется? Есть решение?

увеличь разрешение экрана, самый простой способ)
есть еще один - немного кода в 1С ;-)

Процедура ПередНачаломРаботыСистемы(Отказ)

УправлениеПользователями.ПроверитьВозможностьРаботыПользователя(Отказ);
//свой стиль
Если ЗначениеЗаполнено(глЗначениеПеременной("глТекущийПользователь")) Тогда
 Если УправлениеПользователями.ПолучитьЗначениеПоУмолчанию(глЗначениеПеременной("глТекущийПользователь"),"СвойойСтиль") = Истина Тогда
  ГлавныйСтиль=БиблиотекаСтилей["МойСтиль"];
 КонецЕсли;
КонецЕсли;
   //свой стиль

да и еще не забудь сделать новый стиль, в нем поменяешь шрифт на больший, какой тебе понравится и чтобы менять быстро добавь предопределенную характеристику в "Настройкипользователей".

Изменение конфигурации не подходит, т.к. часть конфигураций "бесплатно" обновляются в рамках подписки ИТС, если они не сняты с поддержки.
(1) экран LCD, неродное разрешение отразится на качестве картинки.

(1) И с конфигурацией работают несколько пользователей. Не всем нужно увеличивать шрифт.

+(5) невнимательно прочитал (2) но всё равно (4)

REGEDIT4

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\FontDPI]
"LogPixels"=dword:00000078


[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Hardware Profiles\0000\Software\Fonts]
"FIXEDFON.FON"="vgafixr.fon"
"FONTS.FON"="vgasysr.fon"
"OEMFONT.FON"="vga866.fon"
"LogPixels"=dword:00000078

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Hardware Profiles\0001\Software\Fonts]
"FIXEDFON.FON"="vgafixr.fon"
"FONTS.FON"="vgasysr.fon"
"OEMFONT.FON"="vga866.fon"
"LogPixels"=dword:00000078

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Hardware Profiles\Current\Software\Fonts]
"FIXEDFON.FON"="vgafixr.fon"
"FONTS.FON"="vgasysr.fon"
"OEMFONT.FON"="vga866.fon"
"LogPixels"=dword:00000078

[HKEY_CURRENT_CONFIG\Software\Fonts]
"FIXEDFON.FON"="vgafixr.fon"
"FONTS.FON"="vgasysr.fon"
"OEMFONT.FON"="vga866.fon"
"LogPixels"=dword:00000078

и перегрузить сервер

78h = 120
60h = 96

(7) спасибо, приму к сведению )) погуглил, нашел такую же тему:
Как задать разрешение рабочего стола для терминального клиента
Но судя по веткам реестра, это отразится на всех пользователях терминального сервера?

да на всех