УПП
Необходимо перенести справочники, документы и иже с ними в новую чистую конфигурацию и сильнодоработанной.
Начиная со справочников.
В чистой УПП повторил структуру измененных справочников в доработанной и добавил новые из доработанной.

Взял КД 2.1.5.1 настроил правила и т.д.
Выгрузил из доработанной, загрузил в чистую.
Если внимательно посмотрел - то все справочники кроме валют загрузились нормально. А валюты продублировались.
С чем может быть связано?

с полями поиска

В ПКО у справочника Валюты в Правиле конвертации свойств установлен поиск по Коду. И в источнике и в приемнике Код валюты одинаков. И тип Строка(Ф3)

(0) смотри галки поиск по внутреннему идентификатору и продолжать поиск по полям поиска, если по ид не найден.

Заметил еще тоже самое в Видах номенклатуры :(
Блин.