Запрос = Новый Запрос;
Запрос.Текст="ВЫБРАТЬ
            |    ХозрасчетныйОбороты.СуммаОборот,
            |    ХозрасчетныйОбороты.СуммаОборотДт,
            |    ХозрасчетныйОбороты.СуммаОборотКт
            |ИЗ
            |    РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.Обороты(&НачПериода, &КонПериода, Период, Счет = &Счет, , , , ) КАК ХозрасчетныйОбороты
            |ГДЕ
            |    ХозрасчетныйОбороты.Счет = &Счет";
Запрос.УстановитьПараметр("НачПериода", НачалоПериода);
Запрос.УстановитьПараметр("КонПериода", КонецПериода);
Запрос.УстановитьПараметр("Счет", ПланыСчетов.Хозрасчетный.НайтиПоКоду("86"));
РезультатЗапроса = Запрос.Выполнить().Выгрузить();

Пишу так получаю нули

(0) Условие после ГДЕ лишнее. Что передаешь в НачалоПериода и в КонецПериода?

(0) Вместо ПланыСчетов.Хозрасчетный.НайтиПоКоду("86") нужно писать что-то типа ПланыСчетов.Хозрасчетный.ЦелевоеФинансирование.
На 86 счете у тебя есть субсчета? Если есть, то в запросе пиши не "Счет = &Счет", а "Счет В ИЕРАРХИИ (&Счет)"

(1) в НачалоПериода и КонецПериода передаю даты
(2) Все дело было в  "ИЕРАРХИИ", а счет и так видет НайтиПоКоду("86")
СПАСИБО!