Сотрудники при входе на территорию через КП отмечаются ключом. Фиксируется действие "Вход". В обратную сторону "Выход". Все заносится в регистр сведений с периодом в секунду.
Измерение: ФизЛицо, Действие.
Сотрудник может по запарке отметиться дважды на КП. Обе отметки фиксируются. Сотрудник может на обеде выйти за территорию. Сотрудник может прийти на работу в 20.00, а уйти в 08.00 на следующий день. Как правило первая отметка нового сотрудника - это "Выход", т.к. ключ он получает на заводе. Последняя отметка уволенного - "Вход"

Требуется узнать, сколько сотрудников в данный момент на заводе.
Можно было бы в цикле рекурсивно проверять закрыт ли Вход Выходом. Но регистр существует много лет и там много сотен тысяч записей. Сворачивать ежегодно регистр нельзя (Начальник всегда прав!). Поэтому цикл с рекурсией будет сильно тормозить.
А новое колво сотрудников должно отображаться при каждом входе\выходе.

Какой тут можно хитрый запрос написать?

а зачем рекурсивно проверять, можно же срез последних взять

ИМХО, тут регистр накопления просится.
Приход (вход) - расход (выход). Остаток - кол-во народу на территории.
Принятые и уволенные: выдачу нового ключа - фиксировать как вход, изъятие ключа у уволенного - как выход.

(2) У них при выходе не все отмечаются, придется вручную делать списание лишних сотрудников

(0) Перенастроить турникеты, и проблема решена.

В любом случае получится не количество сотрудников а количество фиксаций карточек, срез последних - "по входу" должен помочь