УПП релиз последний, но было и раньше
В текущем месяце убыток 1100000 руб. Должна быть проводка Дт 09 Кт 68.04.2 1100000. Вместо этого формируется проводка Дт 68.04.2 Кт 68.04.1 -1100000.
Что может быть не так?

а почему Вы решили что формируется именно неверная проводка?

(0) ты не прав
проводка верная
она означает, что в текущем месяце убыток, а с начала года прибыль
и поэтому сторнируется на 68.04.1 налог, начисленный к уплате в январе-марте

(0) формируется минус 1100000
я говорю про январь

(3) либо баланс не реформирован, либо не переквалифицированы убытки прошлого года
либо тупо перекошен БУ<>НУ+ПР+ВР

скорее всего 1 или 3 варианты

самый быстрый вариант - отладчик
код у документа 20 строчек