в источнике есть реквизит "проект",в зависимости от него в приемнике устанавливается договор контрагента.в ПКС "Перед выгрузкой" написано
Если Проект="000000007" Тогда
           Значение="Б00000410";
       КонецЕсли;
но это не верно,т.к. поиск идет по всему справочнику Договора,игнорируя подчинения.подскажите,как правильно решить такую задачу

в чем проблема написать ПКО для справочника Договора в приемнике, в котором передавать еще и владельца?

все намного проще, делаешь поиск договора по нескольким полям, например у меня сделано так:
проект
организация
владелец
соответственно такой договор у меня в системе уникален, я это контролирую уже при записи справочника.

(2) а можно подробнее,я пока не силен в КД(

создай пко ДоговорыКонтрагентов, у него 3 свойства:
проект
организация
владелец
в каждом из этих ПКС ставишь галочку "Поиск объекта при загрузке по свойству"
ну и само собой как то опеределяешь эти 3 свойсва