Есть запрос:

   "ВЫБРАТЬ
   |  Доходы.Филиал КАК [Филиал $Справочник.Филиалы],
   |  Доходы.Товар КАК [Товар $Справочник.Товары],
   |  СУММА(Доходы.ОстатокТовараОстаток) КАК ОстатокТовара
   |ИЗ
   |  $РегистрОстатки.УчетРеализации(:КонПериода,,(Филиал),(ОстатокТовара)) КАК Доходы
   |
   |СГРУППИРОВАТЬ
   |  Филиал,
   |  Товар
   |";
   Запрос.УстановитьТекстовыйПараметр("КонПериода",Дата('15.01.2012'));
   Запрос.Текст=ТекстЗапроса;
   ТЗ=Запрос.Выполнить();

   ТЗ.ВыбратьСтроку();

Нужно вывести:

   Филиал1 - ИтогПоВсемТоварам
       Товар1 - ИтогПоТовару
       Товар2 - ИтогПоТовару
       и т.д.
   Филиал2 - ИтогПоВсемТоварам
       Товар150 - ИтогПоТовару
       Товар151 - ИтогПоТовару

Как строить выборку дальше?

У штатного запроса, можно было написать:
   Пока Запрос.Группировка(1)=1 Цикл
       // Выводим Филиал и Итог по всем товарам
       Пока Запрос.Группировка(2)=1 Цикл
           // Выводим Товар и Итог по товару

А у прямого запроса как делают?

Индексированная таблица и метод группировать тебя спасет.

В индексированнуюТаблицу из 1cpp и Группировать().

http://www.1cpp.ru/docum/html/IndexedTable.html#group

Группировать() ещё не предлагали?

гы, как просто :) спасибо!

Группировать() лучше использовать, если нужны итоги по группировкам. А если просто перебор - быстрее отсортировать прямо в запросе по нужным полям, да простым перебором таблицы...