Подскажите пожалуйста,как настроить обмен между базами через FTP?

указать что обмен через него и прописать параметры

какой FTP лучше использовать?

собственный конечно

(2) Свой

А если нет своего?

(5) сделай, будь мужиком, блеать!

(5) арендовать за копейки. Вот тут например http://www.radiushost.ru/ru/services/ftp/
Первое что выдает Google на запрос  https://www.google.ru/search?rlz=1C1LENP_enRU480RU480&sugexp=chrome,mod=15&sourceid=chrome&ie=UTF-8&q=FTP+сервер+в+аренду

(5)+ тьфу ты... Ссылка бьется. Строка поиска Эftp сервер в аренду"