Если выполняю запрос в консоли, то в его результате есть строки по одному из подразделений, ему соответствует определенный ресурс.
СКД выводит пустые строки - подразделение есть, а сумма пустая.
В чем может быть дело?

в праве просмотра у регистра к которому идет запрос вполне может быть дело

СУММА(ВТ_БУ.СуммаРаботы * ЕСТЬNULL(ПроцентыВознаграждения.ПроцентРаботы, 0)/100) КАК ВознаграждениеРаботы,

При этом СуммаРаботы выводится...
а права полные, так что вряд ли.

ап может?