Прошу прощения за подобный вопрос, давно не занимался бухитогами.

   БухИтДоп = СоздатьОбъект("БухгалтерскиеИтоги");
   БухИтДоп.ИспользоватьСубконто(ВидыСубконто.Номенклатура, СписокТоваров,2);
   БухИтДоп.ИспользоватьСубконто(ВидыСубконто.МестаХранения,местоХранения,2);
   БухИтДоп.ВыполнитьЗапрос(ТекущийДокумент(),,"41.1,41.4",,,,,"4");
   
   ТБОст = СоздатьОбъект("ТаблицаЗначений");
   
   ТБОст.новаяКолонка("Ном"  ,"справочник.Номенклатура");
   ТБОст.новаяКолонка("КолВо","число");
   
   Если БухИтДоп.ВыбратьСубконто(1) = 1 тогда
       
       Пока БухИтДоп.получитьСубконто(1) = 1  Цикл
           если БухИтДоп.ВыбратьСчета()=1 тогда
               Пока БухИтДоп.ПолучитьСчет() = 1 цикл
                   
                   нс = "";нк = "";
                   
                   Если ТБОст.найтиЗначение(БухИтДоп.Субконто(1),нс,нк)=1 тогда
                       ТБОст.установитьЗначение(нс,"КолВо",ТБОст.получитьЗначение(нс,"КолВо")+БухИтДоп.СНД("К"));    
                   иначе    
                       ТБОст.новаяСтрока();
                       ТБОст.Ном   = БухИтДоп.Субконто(1);
                       ТБОст.КолВо = БухИтДоп.СНД("К");
                   конецЕсли;    
               КонецЦикла;
           конецЕсли;    
       КонецЦикла;
                 
   КонецЕсли;

Субконто(1)

(1) ничего не выводит, хотя на 41.4 остатки есть.

А отладчиком в циклы заходит ?

И вставь

Пока БухИтДоп.ПолучитьСчет() = 1 цикл
    Сообщить(""+БухИтДоп.Счет);


Выведет что-то?

(2) попробуй так:
БухИтДоп.ИспользоватьСубконто(ВидыСубконто.Номенклатура);

работает?

Проверьте период и , вроде, последня 4 должна быть без кавычек.
ЗЫ как всё быстро забывается...

Всё в порядке - данные были, но в другом месте.