Используется ордерная схема при поступлении.
Склад и менеджеры находятся далеко друг от друга. При приемке обнаружилась недосдача, для этого кладовщику приходится звонить менеджеру и сообщать об этом. Затем менеджер меняет документ поступления, ставит расхождения и кладовщик при помощи обработку "приемка" принимает товары по факту. Не ужели кладовщик не может как нить иначе принять товар, чтобы автоматически заполнились товары по факту?

Для этого существует приходный ордер (М-4)

Это разве есть в УТ 11?

http://v8.1c.ru/news/publication.jsp?id=489

1С:Управление торговлей 8" редакция 11 – новое поколение управленческих решений на платформе "1С:Предприятие 8.2"
И. Сидоров / "Финансовая газета" / № 43 / октябрь / 2010

Использование на складе ордерной схемы предусматривает регистрацию в системе движения товаров на складе в суммовом и в количественном выражениях в разные моменты времени. В этом случае для регистрации движения по суммовому учету используются финансовые документы. При этом отражение движения товаров на складе в количественном учете выполняется с помощью ордеров – приходного и расходного. Информация о стоимости товаров в приходном и расходном ордерах отсутствует.

На основании поступления кладовщику может оформить вроде как только "приходный ордер" на основании данных по факту.

(4)Пиши разборчивее... Твоя последняя фраза бессмысленна...

Как сформировать документ который ты написал?
У кладовщика есть рабочее место "Приемка". На основании него он должен как то сделать расхождение?

читай мануал, да и релиз УТ 11 было не плохо озвучить, а то имхается что у вас там дико переписанный динозавр

11.0.8.11 типовая.

В заказе поставщику есть отличный отчет Состояние выполнения.
По нему видно, сколько заказано, сколько принято (по ордеру), сколько оформлено (ПТиУ)
Что еще нужно?